Shelter Manager переносит игрока в неспокойный мир, где распространяются смертельные вирусы, а между странами происходят военные конфликты. Обычные жители не знают, какая опасность может поджидать завтра. Для этого они начинают готовиться уже сейчас. Пользователь возглавит проект над созданием сети бункеров, чтобы развивать общество после глобальной катастрофы.

Перед началом сессии можно выбрать свой апокалипсис, будь это ядерная война, глобальная пандемия, падение метеорита или другая катастрофа. Каждое событие влияет на окружение, доступные ресурсы и возможности, открывающиеся по мере выживания. Обширная песочница включает множество процедурно сгенерированных элементов, помогающих или сбавляющих темп прогресса. Режим кампании включает несколько миссий, где игрок обучится многие элементам, чтобы эффективно управлять бункером.

Юзеру открыт доступ к свободному строительству подземного убежища. Людям потребуются современные удобства и продовольствие, чтобы выживать в суровом мире. Поселенцы могут грабить и мародерствовать в других бункерах, чтобы приобрести ценные материалы. Подопечные могут погибнуть в сражениях, из-за болезней или других действий. Ресурсы помогают модернизировать помещения внутри бункеров и расширять территорию для увеличения числа гражданских лиц.