Атмосфера в Square Heroes наполнена безумным юмором и веселыми персонажами, за которых предстоит исследовать окружающие территории. Главные герои, которых игрок выбирает в качестве протагониста, появились на свет этой вымышленной вселенной благодаря работе с изменением и модернизацией ген животных, мутировавших в странных существ. Предстоит отправиться на изучение представленных локаций, чтобы получить больше ценных бонусов и сильнее прокачаться в развитии за собственное создание.

Сюжетная часть в Square Heroes повествует о масштабном спасении человечества при помощи подобных мутантов, которые теперь свободно занимаются своими делами и путешествуют по карте. На пути двухмерных локаций встречаются разношерстные противники, агрессивно настроенные по отношению к игроку. Пользователю доступен только кооперативный вариант прохождения игры. В сетевом режиме могут принимать участие до шести человек или четверо по локальной сети, не разделяя экран на части.

Геймплей состоит из раундов, где вначале приходиться выбирать оружие и бегать, собирая лут разбросанный на карте. В боях предстоит использовать рукопашные виды вооружения, с последующим развитием и переходом, спустя определенный временной промежуток на дальнобойное оружие. На выбор представлено более 30 видов нового боевого снаряжения, таких как гранатометы, мины или курица. Герои способны получить множество званий, позволяющие повышать характеристики и менять внешний вид.