Безумие Squirrelmageddon! погружает в научную фантастику, где альтернативное будущее представлено в очень странных красках. Человечество обрекло себя на постапокалипсис из-за наводнения белок, захвативших всю землю. Из-за маленьких пушистых животных начался масштабный армагеддон, погрузивший в хаос людей, обитающих на планете. Игра позволяет проходить одиночную кампанию самостоятельно или в кооперативе, вплоть до четырех человек.

Главным героем в Squirrelmageddon! выступает солдат, за которого предстоит отправиться в путь по видоизмененным пустошам и сражаться против ужасного противника. Главной задачей выступает защита мирных граждан и отстрел сумасшедших монстров, уничтожающих все вокруг. Передвигаться персонажем необходимо с видом от третьего лица и возможностью переключения на взгляд от первого. Продвигаться по сюжетной кампании приходиться, выполняя постепенно появляющиеся миссии, связанные с устранением проблем или соперника на союзных территориях.

Проходя сюжет, будут открываться новые доступные для исследования участки карты, по которым можно свободно перемещаться. Протагонист может активно взаимодействовать с окружающей средой. Путешествуя и встречая врагов, нужно использовать доступное вооружение. Для стрельбы и уничтожения противника необходимо использовать огнестрельное оружие. Для быстрого перемещения между точками интереса, можно водить квадроцикл или управляться с парапланом, спрыгивая с высоты.