Выживание в Project Runner реализовано за счет сложного и динамичного мира, где нельзя долго находиться на одном месте. Пользователь берет под свое управление персонажа, попадающего в лабиринт. Главной целью становиться прохождение дистанции, и попытка отыскать верный путь, чтобы выбраться наружу. Приходиться продвигаться по красочным локациям, выполняя цели уровня и добираться до точек сохранения. Сюжет будет раскрываться постепенно, между геймплеем, погружая в атмосферные анимированные кат-сценки.

Находясь в лабиринте Project Runner, игроку предстоит находить или собирать самостоятельно вооружение, чтобы получить возможность отбиваться от монстров, находящихся внутри. При продвижении вперед, нужно преодолевать большое количество препятствий и пространственных головоломок, бросающих вызов смекалке и скорости реакции пользователя. Продвигаясь по загадочным локациям, необходимо заниматься исследованием доступных территорий и запоминать маршруты.

Персонаж способен перемещаться и быстро бегать, взбираясь на определенные платформы и возвышенности, чтобы попасть в труднодоступные места. По пути можно обнаружить разнообразные ресурсы, которые протагонист может подбирать. Найденные вещи и компоненты нужны для повышения выживаемости или создания более крепкого и надежного оружия, помогающего справиться с сильными противниками.