История в Sakura Taisen позволяет пользователям прочувствовать атмосферу патриархальной Японии, где происходят основные события сюжета. Игра выполнена в виде визуальной интерактивной новеллы, погружающей в приключения симпатичных девчонок. Девушки на самом деле являются загадочным элитным отрядом, выполняющим секретные миссии государства. Группе красоток предстоит взвесить на свои хрупкие плечи обязанности по охране центральной точки Империи от темных сущностей. Находясь в японской столице, придется разбираться с коварными проделками злобных противников, используя для этого механических монстров.

Сюжетная линия в Войны Сакуры демонстрирует авантюры симпатичных дам, что сталкиваются не только с выполнением ответственных заданий и обязанностями по защите родины, но и личными проблемами на любовном фронте. В процессе наблюдения за рассказом о юных боевых подругах, геймеры смогут насладиться формирующимися взаимоотношениями героинь с другими обитателями вселенной, желающих поближе познакомиться с девчонками. Придется активно участвовать в решении моральных дилемм, решая, как лучше поступать в определенных ситуациях, происходящих в социальных контактах между персонажами. Каждое принятое действие будет оказывать влияние на сюжет и развитие повествования центральной арки, позволяя получить неожиданный исход событий при прохождении.