Agent 64: Spies Never Die переносит юзеров в опасные боевые испытания, на которые вынужден отправиться главный герой. Протагонист выступает от лица "Агентства", которое выдает задания на уничтожение вражеских целей или стратегических объектов. Игрокам придется передвигаться по карте от первого лица, сталкиваясь с разнообразными врагами. В процессе прохождения, необходимо использовать огнестрельное оружие для устранения агрессивно настроенных бойцов, что будут оказывать сопротивление. Главной задачей выступает четкое выполнение миссий, где придется заниматься диверсионной работой.

Герою в Agent 64: Spies Never Die приходится заниматься взломом терминалов, кражей секретных документов и спасением заключенных гражданских, что стали заложниками деятельности террористических группировок. Агенту 64 необходимо справляться с большим количеством заданий, что рассчитаны под уровень элитного оперативника. Игра выполнена в жанре шутера с олдскульными геймплейными механиками и графикой, создающей ощущение ретроспективы от проекта. Искусственный интеллект, поведение и внешность противников выполнены в стилистике консольных видеоигр 90-х годов. Юзерам необходимо пробираться через полукоридорные комнаты, чтобы уничтожать вражеских бойцов и добираться до нужной точки на карте, чтобы успешно завершить квест или повзаимодействовать с интерактивными предметами, которые нужно похитить.