Girl Agent скрещивает арена-шутер с видом сверху с упрощенным рогаликом. Игра поделена на уровни. Чтобы попасть на следующий этап, нужно зачистить текущую локацию от противников. Если персонаж умрет, то придется начинать забег заново. За убийство врагов дается энергия. Она играет роль валюты. С её помощью можно покупать вооружение, способности, улучшение параметров (максимальный размер здоровья, брони и так далее) и расходуемые предметы (к примеру, целебные зелья). Делается всё это у специальных терминалов. Они становятся доступными после победы на локации. В арсенале нашлось место пистолетам, автоматам, штурмовым винтовкам и другим пушкам. Нужно следить запасом патронов для них.

Видеоигра Девушка-агент предлагает выбрать одну из трех молодых женщин. Анимешные героини управляются при помощи клавиатуры и мыши. Они могут бегать в разных направлениях, делать подкат, вести огонь, перезаряжать оружие, драться в ближнем бою, использовать две абилки, взаимодействовать с окружением. Во время прицеливания и стрельбы скорость передвижения существенно замедляется. В самом начале юзерам предлагают пройти короткое обучение. У игры имеется сюжет, повествующий о сражениях девушек с роботами в зоне Х. История подается в форме диалогов с крупными спрайтами персонажей (в духе визуальных новелл). Тайтл рассчитан только на одиночное прохождение.