Santo Island Incident - приключенческая головоломка от первого лица, действия которой переносят игроков на остров Санто. Континент пострадал от неизвестной катастрофы. Управляя главным героем, требуется найти ответы на все вопросы и отыскать источник бедствия. По всему острову разбросаны головоломки. Потребуется исследовать деревню, мельницу, затопленные части города и множество таинственных мест, включая горы, леса и т.п.

Игровой процесс Santo Island Incident завязан на исследовании местности и решении различных пространственных пазлов. После катастрофы растительность континента значительно увеличилась, причем до аномальных масштабов. По острову потребуется перемещаться от первого лица. Можно взаимодействовать с разными объектами на локациях. У героя есть специальный сканер, позволяющий проверять растения. Он собирает про них самую разную информацию, которой необходимо воспользоваться при решении той или иной головоломки.

При помощи сканера можно слушать растения. Они издают особое эхо. Подсказки от окружения ведут по сюжетной линии. Имея намеки и зацепки, игрокам требуется соединять крупицы истории воедино. Присутствуют смертельные угрозы, поэтому есть возможность взять в руки оружие. Некоторых опасностей стоит избегать, но иногда желательно вступить в бой, чтобы очистить себе путь. Врагов не так много, но каждый из них представляет серьезную опасность. Требуется постоянно быть начеку и моментально оценивать ситуацию. На ходу требуется решать, что необходимо сделать: вступить в бой или сбежать.