Юзерам в Prototypers придется управлять различными отрядами, что занимаются добычей ресурсов и созданием армии для своей фракции. Предстоит погрузиться в научно-фантастический сеттинг, где игрокам приходится бороться против своих оппонентов. Можно менять состав юнитов в группе, чтобы создавать уникальную тактику и устранять врагов. Нужно подстраиваться под особенности ландшафта, взаимодействовать с интерактивными объектами на экране и т.п. Выйдет брать под прямой контроль персонажей в войске и передвигаться по локации от третьего лица.

Игрокам в Прототиперс придется столкнуться с множеством пространственных испытаний, где основной упор в геймплейных механиках идет на вертикальность локаций. Нужно взбираться на разнообразные возвышенности, перемещаться по туннелям и пещерам, лазить по потолкам и сбрасывать соперников со скал в бездонные ямы. Нужно учитывать эти особенности и противодействовать атакам врага, что обладает подобным арсеналом возможностей.

В битвах получится применять разные виды юнитов, среди которых есть пехота, танки, авиация и т.д. В игре применяется классическая схема битвы в стиле "камень-ножницы-бумага", которая используется в других стратегиях в реальном времени. Приходится ловить оппонента, подбирая под ситуацию нужные войска. Выйдет мгновенно производить отряды бойцов при наличии доступных ресурсов, которые добывают другие команды на карте.