Главный герой Красная фракция – Паркер, устроившийся недавно на новую работу. Теперь он летит на Марс, и будет добывать руду, работая на компанию Ультор. По договору, он подписался на "человеческий" режим работы, достойную заработную плату и хорошие второстепенные условия. Но сразу же он работает более 10 часов в день без перерыва под наблюдением требовательных и неприятных охранников.

Спустя пару дней ситуация на шахте становится гораздо хуже. Рабочие подцепляют болезнь, смертельный исход которой – 100%. Ultor не хочет бороться с вирусом и помогать сотрудникам, из-за чего 90% шахтеров недовольны. Неизвестная девушка по имени Эос берет все в свои руки и незаметно для компании и охранников раздает пропагандистские листовки. Эос подталкивает всех шахтеров начать восстание, что и наступает в течение суток.

Паркер использует высокотехнологические оружие и взрывоопасные вещества, чтобы справляться с оппонентами. Один из важных аспектов игрового процесса – разрушаемые окружающие объекты. Протагонист и вражеские персонажи способны разрушать любые конструкции, но для этого необходимо мощное оружие или взрывчатки. Данная функция помогает центральному персонажу сбежать, сделав тайный проход в полу или стене, если его окружили соперники. Помимо обычного пешего перемещения, Паркер пользуется танками, броневыми машинами, шахтерской или военной техникой.

Протагонист Red Faction встретится с многочисленными персонажами во время прохождения. Эос – главный союзник, является Лидером Красной Бригады. Именно она начала восстание и координирует действия шахтеров. Хендрикс – техник, помогающий Паркеру с информацией о месторасположении врагов или стратегически важных объектов. Предстоит сразиться с Чапеком и Полковником Мосако, являющимися главными вражескими действующими лицами и сложными боссами.