Разработчики Tom Clancy's Splinter Cell Double Agent раскрывают моральные повороты персонажа, цель которого: не дать террористам использовать ядерные заряды. Сюжет шутера от третьего лица прост: известный по предыдущим играм из серии Сэм Фишер проникает в закрытую террористическую группировку под видом наемного убийцы. Он исполняет роль двойного агента, находясь одновременно на стороне террористов, и, выполняя приказы «Третьего Эшелона».

Под видом двойного агента Сэма сажают в тюрьму, где отбывает наказание один из лидеров группировки АДБ. По приказу главы отдела безопасности, наш герой должен познакомиться с одним из членом Армии Джона Брауна, завоевать его доверие, помочь сбежать и узнать, где находится штаб-квартира террористов. Выполнив все действия, Сэма приглашают в группировку, и после этого события развиваются в сторону одной из трёх концовок:

• Сэм уничтожает АДБ изнутри. Он убивает всех предводителей, персонал штаб-квартиры, лидеров группировки. Обезвреживает заложенную бомбу на лайнере, отправляется в США;
• Происходит практически всё то же самое, однако мы убиваем главаря АНБ (Агентство Национальной Безопасности) — Ламберта. Обезвреживаем бомбу на лайнере в Охотском море. Оставляем в живых членов АДБ;
• Концовка 50 на 50. Мы сохраняем в живых один из объектов: корабль, Ламберта или Хишам — один из лидеров АДБ. В конце нас снова сажают за решетку, но мы вырываемся.

Игрок побывает в США, Исландии, Конго, России, Китае. За это время мы познакомимся с «личным дневником» Сэма Фишера, узнаем, что задания он получает именно оттуда. Особенностью игры стало то, что мы постоянно получаем задания и от АДБ, и от АНБ. Игра - Tom Clancy's Splinter Cell «Двойной Агент» — отличается от всех остальных игр серии. Здесь наш персонаж не использует привычное снаряжение, но умело проявляет себя в роли двойного персонажа, который может изменить судьбу двух крупных организаций, ознаменованных разработчиками как добро и зло.