Civilization 4: Beyond the Sword – отличается от предыдущей части и имеет многочисленные изменения в геймплее, но они начинают появляются ближе к концу прохождения. В Warlords большая часть нововведений была представлена пользователям уже с начала игры.

Первое, с чем познакомит геймплей Civilization IV: Beyond the Sword, это корпорации, не бывавшие в серии. Они идентичны религиям, а игрок, изучая требующиеся технологии у Большого Человека, будет прокачивать корпорацию. Если есть материалы, то эта функция позволит получать доход. Теперь все государства копят баллы шпионажа, чтобы после подсматривать за другими державами и узнавать, что происходить внутри их стран. Юниты "шпион" позволяют выполнять активные задания, а пассивные баллы зарабатываются за такие же операции. Чем лучше прокачан соперник, тем больше очков надо потратить, чтобы совершить шпионаж.

В любой момент матча произойдет процедурно сгенерированное событие: наводнение, шторм или новые требования народа. Но есть и те, которые приносят полезности, например: нахождение золотых запасов в шахтах, открытие важных территорий и многое другое. Среди нововведений представлены квесты, выдающиеся геймеру случайным образом, а за них можно получить ресурсы, очки шпионажа или разблокировать доступ к возможностям. По просьбам любителей серии, разработчики внедрили "Поздний старт", позволяющий начать игру с любой эпохи и определенным количество средств, за которые можно приобрести модернизации, технологии, армию и города.