История Alien: Isolation, которая заставила Аманду вновь вернуться в мир и узнать, что случилось с её матерью, продолжается в стелс-хорроре от первого лица с элементами выживания. Ищите предметы, собирайте новое оборудование и старайтесь справиться со страхом от Чужого, который то и дело, что наблюдает за вами постоянно. Даже сейчас.

Внутри игры мы понимаем, что прошло 15 лет после исчезновения корабля «Ностромо», на котором трудилась инженером-техником мать Аманды — Эллен Рипли. Буксир героини кружит вокруг того сектора, где её мать пропала без вести. Спустя несколько минут мы узнаем, что корабль «Анесидора» нашел в космосе «черный ящик» - система регистров и записей с «Ностромо». Этот предмет был отправлен на списанную торговую станцию «Севастополь». Собрав небольшую команду, отряд отправляется на «Севастополь», чтобы забрать этот ящик и рассмотреть, но во время отправки Аманда отдаляется от остальных героев — её тросик лопается — и она одна летит на заброшенную космическую станцию.

Попав внутрь станции, она попадает в плен одного из жителей этого «запустевшего» рая. Он рассказывает, что жители космо-станции страдают паранойей из-за ксеноморфа, который убивает всё, что движется. Внутри корабля гаснет свет, Аманда слышит крики, и успевает сбежать.

Геймплей игры построен на стелсе и постоянно слежении за датчиками. Чужой может появиться откуда угодно, и вы должны быть наготове.

Убить монстра нельзя, хоть вы и сможете использовать огнемет. Он, скорее, поможет в убийстве других людей, которые также охотятся за вами. Вы можете использовать все предметы, что найдете, чтобы создать ловушки для Чужого.