Полеты в Squad 51 vs. the Flying Saucers выполнены в кинематографичной черно-белой стилистике, где юзеры смогут прочувствовать научно-фантастический сеттинг 1950-х годов. Главной задачей для пользователя становится выполнение shoot'em up уровней, где нужно управлять небольшим самолетом с видом сбоку. Геймеры будут передвигаться над поверхностью планеты, чтобы отбиваться от инопланетных захватчиков, что первоначально хотели заключить мирный союз с землянами.

Человечество в Сквадрон 51 сталкивается с жестокой политикой Директора Зарога из VEGA CORPORATION, что вынуждает сопротивляться пришельцам. Начинается война и хищные существа отправляют в атаку летающие тарелки, с которыми необходимо справиться протагонисту. Героем выступает пилот одной из эскадрилий, что использует старенький и надежный самолет для противостояния монстрам. Предстоит передвигаться по локациям, уничтожая летающих противников.

Пользователям Squad 51 vs. the Flying Saucers приходится уклоняться от атак инопланетян, маневрируя в воздушном пространстве. Пользователи смогут пройти одиночную кампанию, что состоит из 11 постепенно усложняющихся уровней, где нужно сражаться в различных условиях: заснеженные горы, леса, городские пейзажи и т.д. Также в игре присутствует динамическая подстройка сложности под юзера, что позволяет подобрать желаемый стиль для прохождения. Присутствует многопользовательский режим, рассчитанный на 2-х игроков.