По сюжету Starship Annihilator в 3521 году произошел коллапс, в результате которого Млечный Путь и галактика Андромеда столкнулись. В результате этого события, боевые корабли оказались отброшены в другую часть космоса под силой гравитации. И, чтобы вернуться назад, придется пройти долгий маршрут, наполненный опасностями.

Задача простая - двигаться вперед, уничтожая судна враждебно настроенных пришельцев. Они формируют строй из боевых единиц различной мощности. Это могут быть как негабаритные истребители, так и массивные штурмовики, на разрушение которых не хватит одиночного залпа. Плюс ко всему, враги поливают геймера шквальным огнем из ракет и бластеров, поэтому важно постоянно маневрировать или постоянно стрелять, чтобы разрушить крупные снаряды. Иногда, формирования кораблей не достаточно плотные, поэтому сквозь них можно пролетать на скорости, не заморачиваясь на счет уничтожения. Кроме того, на уровнях разбросаны бонусные жизни.

Дойдя до определенного этапа, Starship Annihilator бросит пользователя на бой с боссом. Это габаритный гуманоидный корабль, двигающийся от одного края экрана к другому. Достаточно лишь уклоняться от его атак, стреляя по корпусу. В верхней части экрана будет отображаться его запас прочности. Когда шкала полностью опустеет, это будет означать победу.