В мире игры Septerra Core все общество поделено на несколько слоев. Избранными называют верхних жителей, которые являются местной элитой. Низшие слоя, которые всячески подчиняются высшим, получая в свою сторону кипу неуважения и презрения. Как раз к этой касте и принадлежит главная героиня Майя, которая потеряла своих родителей из-за Избранных.

По легендам, Великий Создатель вселенной спрятал в ядре одной из планет секретный ключ. Тот, кто найдет этот артефакт, получит огромную силу. Его местоположение обнаружили Избранные, которые во главе с императором собирают экспедицию для поиска драгоценности. Майе придется отправиться бороться с этими существами и не дать им получить великую силу. Персонажи, которыми может управлять геймер в Septerra Core: Legacy of the Creator

• Грабб. Это лучший друг главгероини, а еще он первоклассный изобретатель и механик, способный создать робота-компаньона.
• Корган. Он входит в элитные войска стражи, является настоящим патриотом, любит свой город, а еще идеально владеет несколькими видами оружия.
• Лед. Девушка была спрятана отцом в полузаброшенном здании, чтобы защититься от опасности. До этого жила в 5 оболочке. У нее роботизированные ноги, которых девушка стесняется.
• Селина относится к классу Избранных, однако, она не разделяет их интересов и тоже желает остановить верховного правителя.
• Араим сейчас работает наемникам, а раньше специализировался на взрывчатке, но в результате несчастного случая остался без рук и решил завязать с бомбами.
• Баду — это представитель инопланетной расы слепых, который проживает в лесах 7 оболочки. Его город оккупирован Императором, а жители используются, как рабочая сила.
• Лобо. Этот робот ранее был военным, но теперь его перепрограммировали, наделили человеческими эмоциями и сочувствием, предоставив тем самым полную свободу действий.