The Vanishing Train — психологический хоррор, где привычная работа машиниста пригородного поезда оборачивается чередой загадочных происшествий. События разворачиваются на уединенной японской железнодорожной линии, пролегающей глубоко в горах. Привычная смена в кабине локомотива постепенно трансформируется в пугающее испытание, заставляющее усомниться в реальности. Окружающая действительность начинает искажаться: внезапно гаснущее освещение в вагонах и появление вызывающих тревогу пассажиров становятся предвестниками чего-то зловещего. Все происходящее подается через вид от первого лица, что усиливает эффект присутствия. Повсюду разбросаны улики, и только их тщательное изучение позволит протагонисту докопаться до истинной природы кошмара.

Игровой процесс в The Vanishing Train строится вокруг выполнения повседневных обязанностей, которые становятся фоном для нарастающего ужаса. Управление составом требует точных остановок на станциях и оперативного реагирования на непредвиденные ситуации, возникающие во время движения. Именно в рамках этой рутины начинают проявляться первые признаки аномалий, подрывающие душевное равновесие. Каждое принятое решение напрямую воздействует на развитие сюжета, открывая доступ к одной из нескольких концовок. От действий геймера зависит, какой из четырех возможных финалов завершит эту мрачную историю.