Detective Penguin показывает мир, где расследование опирается на физику и ласты. Игроки берут на себя роль детектива Нутера, недавнего выпускника детективной школы, ищущего практический опыт в Деревне Пингвинов. Эта игра предлагает выбор в решении загадок, позволяя взаимодействовать через допросы или прямое физическое воздействие. Деревня Пингвинов выступает основной средой для первых поручений Нутера в местном Детективном Бюро. Обстановка намекает на подспудные нуарные мотивы через персонажей и общую атмосферу.

В Detective Penguin ведение дел предполагает различные подходы. Геймеры могут допрашивать многочисленных обитателей поселения, собирая сведения по крупицам, или же обыскивать местности в поисках улик, относящихся к текущим делам. В качестве альтернативы, протагонист способен применять ласты, чтобы склонить к содействию или уладить конфликты. Наставником выступает Рекс Фонтейн, опытный сыщик, чей цинизм определяет его подход к обучению новичка Нутера премудростям сыскной работы в этом конкретном месте.

Основной сюжет ставит перед главным героем Нутером задачу выяснить обстоятельства исчезновения макрели, что является главным поручением. Помимо этой ключевой задачи, по всему селению Пингвинов появляются разнообразные второстепенные задания, предлагающие дополнительные загадки и контакты с уникальным населением. В процессе прохождения обнаруживаются мини-игры, встроенные в окружение поселения. Кроме того, предусмотрены опции для изменения внешности главного героя, что дает возможность для самовыражения при раскрытии секретов селения и возможных более мрачных подоплек, связанных с элементами заговора или непредвиденной угрозы.