Desktop Fishes предлагает взять под управление целую подводную экосистему, развивающуюся прямо на рабочем столе. Для расширения аквариума предусмотрено дерево навыков, открывающее доступ к новым перкам и позволяющее изменять поведение питомцев. Заглянув на рынок к торговцу-осьминогу, можно приобрести корм, игрушки и причудливые аксессуары, добавляющие подводному миру шарма и некоторой странности. Каждой рыбке можно придать индивидуальности, нарядив ее в забавные шляпы или очки, что делает каждого подводного жителя по-настоящему уникальным.

Основной геймплей сосредоточен на разведении и коллекционировании. Позволяя питомцам размножаться, можно наблюдать за передачей потомству родительских черт, а иногда и за появлением редких мутаций. Всего в Desktop Fishes существует свыше 10 000 генетических комбинаций. Каждый обитатель аквариума проходит полный жизненный цикл, превращаясь из крошечного яйца во взрослую особь. Кроме того, необходимо следить за состоянием среды, вовремя срезая быстрорастущие водоросли, в чем активно помогают сами рыбки, поедая излишки растений.

Проект представляет собой наложение, превращающее экран в уютный аквариум с пиксельными обитателями, которые плавают поверх запущенных программ и окон. Это создает расслабляющую и игривую атмосферу в течение дня. Предусмотрен и альтернативный режим, позволяющий разместить цифровой аквариум за всеми элементами интерфейса, используя его в качестве живых обоев для рабочего стола. Такой подход позволяет наслаждаться спокойным созерцанием подводной жизни, не отрываясь от повседневных дел или работы за компьютером, превращая монитор в постоянно меняющееся произведение искусства.