Croakoloco включает в себя игровой процесс в жанре idle, сосредоточенный на накоплении коллекции амфибий. Геймеры наблюдают за цифровыми лягушками, как они перемещаются по своей среде, квакают и поедают мух. Ключевая активность заключается в расширении этого собрания путем приобретения разных типов земноводных, от обычных до более редких экземпляров. В проекте предстоит управлять ресурсами для достижения целей по пополнению коллекции.

Необходимо тратить накопленные монеты во внутриигровом магазине Croakoloco, чтобы получить наборы с амфибиями, которые добавляют новых обитателей в среду их обитания. Альтернативный способ взаимодействия, режим Froggy Mode, позволяет напрямую контролировать выбранную особь, давая возможность прыгать, издавать звуки и преследовать особых золотых мух. Поимка таких мушек предоставляет дополнительные монеты и очки опыта, недоступные при пассивном наблюдении. Указанный режим вносит более практический элемент в процесс.

Развитие в этой игре происходит по мере взросления амфибий, после чего они получают случайные бонусы. Эти усиления влияют на стратегические решения; некоторые способны увеличить награду за сбор золотых мушек, поддерживая активное вовлечение, тогда как другие могут дать вероятность того, что подопечные будут автоматически генерировать корм, облегчая пассивный прогресс. Особи, полученные из более дорогих наборов, обычно получают особые черты, предлагающие весомые преимущества. Кроме того, становится доступной система разведения, позволяющая подбирать пару из двух взрослых экземпляров.