PolyPine представляет собой симулятор развития леса. Игроки начинают процесс с базовых типов семян. Основная механика заключается в выращивании деревьев на протяжении всего их жизненного цикла. Этот процесс, от семян до упавшего ствола, создает разнообразную среду обитания. Затем игроки вводят в среду обитания виды животных. Каждый вид предъявляет особые требования к среде обитания, которые должны быть соблюдены для его включения в игру. Взаимодействие с животными запускает действия, влияющие на экосистему. Например, нажатие на лося приводит к удобрению почвы. И наоборот, полевки повреждают корни деревьев.

Животные, появляющиеся в лесу, имеют особые требования к окружающей среде; белкам, например, нужны деревья, а бабочкам — цветущие растения. Взаимодействие игрока включает клики по этим животным, что заставляет их выполнять определенные действия, влияющие на окружение и других обитателей. Лось может испражняться, добавляя удобрение в почву; полевки могут поедать корни деревьев, потенциально нанося ущерб конкретным деревьям. Лисы, ну, они охотятся на других существ, присутствующих в среде. Игроки могут создавать эти леса на разнообразных ландшафтах, таких как холмы, горы, озера, фьорды или болота, и даже могут изменять саму землю с помощью инструментов терраформирования для большего контроля. Помимо управления ростом и обитателями, происходят природные события вроде лесных пожаров, штормов или нашествий короедов, создавая различные условия и вызовы внутри экосистемы.