The Monster Breeder передает под управление игрока заведение, специализирующееся на разведении боевых созданий. Эта стратегическая симуляция предполагает контроль за процессами выпуска гибридов для гладиаторских поединков. Доход и известность достигаются за счет подготовки существ, способных эффективно действовать в условиях арены. Игра поручает геймеру возглавить дом разведения существ под эгидой Империи. Такая позиция открывает доступ к инструментам формирования свойств существ перед их отправкой в бой.

Способы изменения характеристик включают хирургические вмешательства, использование магических предметов и алхимических составов. Однако чрезмерное вмешательство в физиологию созданий The Monster Breeder может спровоцировать недуг, именуемый болезнью мерзости, сокращающий срок их жизни и временно делающий их непригодными для боя. Многообразие видов существ, встречающихся в Империи, служит источником ценных черт; млекопитающие, рептилии и насекомые предоставляют материал для селекции.

Предпринимая экспедиции, игровая механика позволяет искать новые разновидности, хотя такие путешествия сопряжены с существенными затратами и риском. Потомство, полученное путем скрещивания, наследует особенности и способности предков случайным образом. Дальнейшее совершенствование свойств достигается применением особых предметов: вливаний крови, рунных камней, магических свитков и имплантации органов. Поединки на арене представляют собой итоговую проверку подготовленных существ. Эти столкновения не всегда заканчиваются смертью; несмертельные поединки, разумеется, приносят меньший доход.