Kaizen: A Factory Story представляет Дэвида Сугимото, уроженца Саут-Бенда, штат Индиана, который в 1986 году переезжает в Японию ради карьеры в Matsuzawa Manufacturing. Он прибывает с расчетом на должность руководителя в отделе международных продаж — перспектива, доступная в период экономического подъема страны. Эти надежды рушатся, когда его направляют не в корпоративный офис, а на один из старых заводов компании на окраине Токио.

Без лишних слов ему поручают роль конструктора сборочных линий, и эта должность требует особых логических способностей. Структура проекта ставит человека в положение новичка, который должен приспособиться к специфическим требованиям автоматизации фабричных процессов. Ключевой геймплей Kaizen: A Factory Story представляет собой симуляцию промышленных процессов на шестиугольной сетке. Игроки конструируют автоматизированные системы, программируя отдельные станки на сварку, клепку, резку и сверление компонентов в точных последовательностях.

Задача — построить функциональную и отлаженную сборочную линию для выпуска культовых товаров 1980-х годов, включая калькуляторы, видеокамеры и аркадные автоматы. Тайтл предлагает инструменты для документирования и обмена удачными решениями с другими людьми путем экспорта анимированных GIF-файлов, демонстрирующих конвейеры в действии. Чтобы отвлечься от основных задач по проектированию, игра включает дополнительный режим. Это пасьянс на тему патинко под названием Pachi-Sol, предлагающий собственные логические головоломки. Он служит внутриигровым занятием, предоставляя возможность столкнуться с иным типом испытаний, оставаясь в мире этого симулятора.