Shelldiver погружает в исследование обширного океана, полного уникальных биомов — от вулканических вод до кристаллических пещер. Вместо линейного развития предлагается разветвленное древо навыков, позволяющее детально настраивать экспедиции под собственный стиль прохождения, делая акцент на скорости сбора или глубине исследования. Все эти улучшения служат одной цели — развитию необычного бизнеса, основанного пожилой черепахой. Главному герою предстоит не только наладить торговлю, но и оказать существенную помощь всему своему родному поселению, обеспечивая его процветание за счет своего предприятия.

Основой геймплея служат подводные погружения для сбора ценных ресурсов. С помощью специальной пузырьковой пушки ведется охота на медуз, среди которых встречаются электрические, мутировавшие и даже взрывающиеся особи. Для добычи других материалов, таких как обломки человеческого мусора, грибы или кристаллы, применяется мощный лазерный бластер. Все добытые ресурсы в Shelldiver можно продать в собственном магазинчике, а в перерывах между заплывами — прогуляться по острову, что выгодно отличает проект от тайтлов, где все взаимодействие происходит через меню.

Полученная от продажи медуз прибыль инвестируется обратно в дело. Это позволяет совершенствовать подводную лодку, рабочие инструменты и увеличивать запас кислорода, необходимый для более глубоких погружений. Постепенное развитие и расширение возможностей составляют ядро инкрементальной механики. Конечной целью становится не только личное обогащение, но и процветание местного сообщества, чьи жители являются основными клиентами и ценителями экзотических медуз, продающихся в маленькой лавке предприимчивой черепахи.