Spy Drops ставит игрока в роль контртеррористического оперативника. Задача — нейтрализовать эко-террористическую организацию, намеревающуюся стереть все мировые цифровые записи. Действия этой группы грозят вернуть общество в доцифровую эпоху. По ходу выполнения заданий оперативник начинает сомневаться в целях, раскрывая заговор, выходящий за рамки первоначальной угрозы. В основе сюжета лежат темы кибертерроризма и адаптации социума к новым технологиям в антураже военных баз, джунглей и пустынь.

В Spy Drops каждая операция требует проникновения в тыл неприятеля для тайных акций, вроде сбора сведений или освобождения пленных. Случайная генерация планов миссий обеспечивает непредсказуемый игровой процесс, ведь расстановка противников и задач меняется при каждом заходе. Геймеры продвигаются по базам комната за комнатой, самостоятельно определяя тактику для каждой ситуации. Доступные опции включают взлом систем безопасности, разведку с помощью дрона или тихое перемещение со специальным снаряжением для уклонения от охраны, реагирующей на звук и тень персонажа.

Перед высадкой юзер подбирает экипировку из инвентаря, включающего приборы ночного видения, тазеры и миноискатели. За успех в миссиях игра начисляет опыт, идущий на улучшение характеристик: здоровья, выносливости и точности прицеливания. Система поощряет ненасильственные методы и сохранение скрытности дополнительными очками. Сведения добываются из обезвреженных охранников устройством Dream Catcher, делая убийство тактически невыгодным. Также доступен локальный многопользовательский режим, позволяющий двум геймерам соревноваться напрямую.