Mushroom Musume начинается, когда Отшельник получает от Лесной Ведьмы спору в горшке. Игроку предстоит взять на себя родительские обязанности Отшельника и направлять взросление грибного отпрыска посредством череды выборов. Действия и решения геймера напрямую …