Мрачный сеттинг Hate Plus переносит в антиутопию, раскрывающую многие серьезные темы, связанные с проблемами человечества. Главный герой попадает на секретный объект, вернувшись назад на Землю после долгого путешествия и знакомится с искусственным интеллектом, внешне выглядящим и ощущающим мир как девушка. Прибыв на заброшенный корабль с новым поколением будущего, протагонист желает восстановить данные и провести ремонтные работы. Исследуя параллельно комплекс, выяснится что система дала сбой и теперь предстоит заниматься спасением гражданского сознания от пропаганды, возвращающей цивилизацию к нормам периода Чосон.

Главной задачей для геймеров в Hate Plus станет расследование загадочного дела, ознакомившись с политическими тайнами и столкнувшись с проблемами трансгуманизма, косплея, выпечки и медленного патриархального разрушения свобод, в которых находилась девчонка, обнаруженная на объекте. Протагонисту предстоит решать сложные вопросы, разбираясь в истории формирования таких взглядов, стараясь отыскать поломку в информационной системе, промывающей мозги. Игроки будут направлять развитие сюжетной линии при помощи выборов и решений, которые будет совершать персонаж. Придется читать интерактивные диалоги между героями и подбирать удачные варианты фраз, доступных при беседах с обаятельной и хладнокровной девушкой.